El mundo de Risen se ha visto amenazado desde el principio de los tiempos por las poderosas criaturas mágicas llamadas Titanes. Esto culminó en una guerra abierta en la última entrega de la saga Risen. La guerra entre titanes sigue haciendo estragos en el mundo, forzando a la gente a huir del hambre y de la muerte. Su rabia ha convocado a una nueva amenaza: un elemento clásico de la serie Risen. Una sombra amenaza la tierra.
Al principio de Risen 3, el nuevo jugador no sabe nada de esto. En una de sus misiones, se ve atrapado en una emboscada en las sombras. Una criatura oscura emerge y le succiona su alma. Así empieza este nuevo título, con un protagonista debilitado, medio muerto, en una búsqueda incierta y peligrosa para recuperar su propio ser.